宁宗即位后，韩侂胄仗着自己拥立有功，很骄傲。朱熹担心他危害社稷，多次和皇上谈到这个问题，因此被免官，赶出了朝廷。赵汝愚执政后，朱熹写信提醒他要多多注意韩侂胄，但赵汝愚认为韩侂胄容易对付，没有把朱熹的话放在心上，最后事实证明朱熹当年说的话是对的。
朱熹离开朝廷后，韩侂胄唆使党羽弹劾门户之学，请求辨别他们的真伪。刘德秀在长沙做官的时候不被理学家张栻的弟子所看重，后来他做了谏官，就攻击理学为“伪学”。太常少卿胡纮说：“近年伪学猖獗，图谋不轨，希望朝廷能够给予限制。”还有人攻击赵汝愚等人是“伪党”，后来发展到干脆说他们是“逆党”。更有甚者说道学和权臣结为死党，企图谋朝篡位，导致攻击“伪学”的行动一天紧过一天，甚至还有人上书要求杀了朱熹。当时那些跟随朱熹的学子都没了容身之地，不愿意同流合污的人纷纷隐居山林，也有一些儒学中的败类为了个人前途而改换门庭，拜他人为师，和朱熹划清了界限。虽然朱熹的学说遭到朝廷内外的反对甚至迫害，但他仍然每天平静地和学生们讨论学术。有人劝他把学生们都解散，省得给人以口实，他笑笑却没有说话。朱熹死的时候，谏官上奏说全国各地的“伪党”约定朱熹下葬那天聚会，为他送葬，希望能加以管束，朝廷采纳了这个意见。