撤军事件不久，又发生了一个令拿破仑更恼火的事情。土伦港口的几何图形看去像一个大葫芦。葫芦小头深深楔于陆地，构成港口内停泊场；大头与地中海相连，构成外停泊场。葫芦腰部有个克尔海角，楔入内外两个停泊场之间，地势险要。英军在克尔海角的制高点上修筑了一个极坚固的炮垒阵地，自称为小直布罗陀堡，用以保障内外两停泊场内英国舰队的安全。拿破仑有心摧毁直布罗陀堡的英国炮兵阵地，夺取克尔海角，因而秘密运来8门发射24磅重炮弹的重炮，在小直布罗陀堡对面的小高地上修筑秘密炮台，并用橄榄树枝严密伪装，以便等待时机成熟时突然打击小直布罗陀堡的英军炮兵阵地。不料刚刚部署完毕，回到炮兵指挥所喘息未定的拿破仑猛然听到阵地上炮声隆隆，大惊失色，急急跑上阵地，原来竟是新来的攻城部队司令官多普将军视察阵地，下令试一试炮兵新阵地的威力，糊里糊涂地暴露了目标和法军意图。拿破仑见状怒不可遏，却又无可奈何。
第二天，感受到法军新炮台威胁的英军和欧洲反法联军总司令奥哈腊将军，亲率7000名士兵强攻法军炮台。法军寡不敌众，拿破仑只得带领炮手们沿一条专为运送炮弹设计的秘密通道回撤。通道两边的高地皆为联军占领，左边是那不勒斯军队，右边是英国军队。拿破仑命令士兵先向左边那不勒斯军队猛烈射击，再向右边英军射击，待那不勒斯军队与英军对射以后，法军潜入下方被丛林覆盖的通道。行至半途，士兵透过丛林缝隙，看到右侧高坡上有一穿红制服的英国军官很神气地巡察战场。拿破仑便命令狙击手瞄准，一个点射，那军官滚下了高坡。法军士兵一拥而上，将其生擒，押至拿破仑面前。那军官主动交出佩剑，自我介绍身份，原来竟是英军和联军总司令奥哈腊将军。联军很晚才知道自己的司令官失踪。拿破仑也因撤退时无意中俘获了敌军司令官而被巴黎革命政府破格晋升为炮兵上校，多普将军则因指挥无能，土伦城久攻不克，被杜戈梅将军替代。