他在《文史通义》中明确地提出：“六经皆史也。古人不著书，古人未尝离事而言理也。六经皆先王之政典。”他认为“三代学术，知有史而不知有经”[54]，“无经史之别，六艺皆掌之史官不特《尚书》与《春秋》也”[55]。“古之所谓经，乃三代盛时典章法度见于政教行事之实。”[56]至于把前代的典籍尊奉为神圣的经书，那是后世儒家所为。章学诚在《文史通义》的《易教上》、《经解上》和《经解下》等篇中集中阐述了自己的观点。这一说法把儒家加在《六经》上的神秘面纱全部揭了下来，如此言论在当时令人闻之惊骇。
“六经皆史”的意义在于，它扩大了历史研究的视野和搜集材料的范围；同时也是对当时空谈心性的“宋学”和专事考据的“汉学”不良学风的批判。“宋学”把“六经”视为“载道之书”，不顾历史事实而求索所谓的“道”。章学诚则一针见血地指出，“六经”是有着实实在在内容的“史”，是对社会现实的真实记录。而“汉学”家专注于对经传条文的考订，完全背离了“六经”的真正内涵。章学诚说，孔子作《六经》的目的在于让后人从先王的政典中获取治国安邦的道理；研究《六经》就是为了从中寻求对现实有用的东西，不能脱离当今人事而仅仅满足于为古书拾遗补缺。“六经皆史”的观点，在一定程度上也把史学的地位提高了。既然先王的政典是古代的历史记录，那么研究历史无疑就是研究前代政治，就与社会现实紧密地联系在一起。