当然，拉斐尔对哲学家的描绘并非基于对他们真实样貌的了解。他描绘的其实是思考活动的画面，以表明人类的知识不仅有着极为悠久的传统，而且能够不断兼收并蓄，吸纳不同的观点——从伊斯兰学者阿威罗伊（Averroes，毕达哥拉斯上方站立者），到波斯先知琐罗亚斯德（Zoroaster，位于欧几里得上方），还有亚里士多德与柏拉图之间的核心对话，都体现了这一点。亚里士多德为此后数百年的哲学发展奠定了基础，而柏拉图则认为现实只是神圣理想的一种反映，他的理论在不到100年前又被西方人重新发现了。尽管这幅湿壁画被人称为“雅典学院”，但画中场景更像是教皇尤里乌斯执政时期，由布拉曼特亲手设计建造的罗马城（这与拉斐尔也有些关联，因为是他向教皇推荐了布拉曼特）：在一座罗马浴室里，点缀其中的雕像不是圣徒而是罗马神话中的阿波罗与密涅瓦[355]。正如达·芬奇在《最后的晚餐》中将耶稣的头部作为透视计算的中心，这幅壁画也将伟大人物柏拉图（外貌酷似达·芬奇）和亚里士多德置于远处石拱门的前方，背后的湛蓝天空中时有云朵掠过，它们轻盈缥缈，又变幻不定，恰如人类的思想。
拉斐尔这幅《教义辩论》堪称迄今为止最为复杂的人类生活画像：共有约52个人物簇拥在这片恢宏壮丽的舞台上，每个人各得其所，却又身份成谜，似乎寓意着整个知识世界的面貌。画面显然是经过缜密构思与精心规划的。但在高谈阔论的人群之中，有一位并非画家最初计划中的人物：前景中有个人看似情绪不佳，用拳头撑着自己的脑袋，不去看自己潦草涂写的稿纸。他是画家后来添上去的。据说拉斐尔当时在梵蒂冈的几条通道开外惊鸿一瞥，在一座小礼拜堂的天顶上看见了一幅伟大而隐秘的画作。这座小礼拜堂是尤里乌斯的叔叔弗朗切斯科·德拉·罗维雷（Francesco della Rovere），也就是教皇西克斯图斯四世（Sixtus Ⅳ）建造的。拉斐尔原本可能认为自己的湿壁画已属大胆的创意，但当他看到米开朗琪罗为西斯廷礼拜堂打造的天顶画后，才意识到山外有山，人外有人：那不仅仅是绘制在墙面上的一幅场景，而是在整个石砌拱顶上幻化出一大片繁复绚丽、激荡人心的画面，那是《创世记》全书的开篇，也就是宇宙万物的肇始时刻，即光明与黑暗的分离。所以，拉斐尔后来画上的那个人就是米开朗琪罗，拉斐尔唯一能做的，就是以此向他致敬。