数量庞大的农民工，正在改变着城市和农村的社会结构，其根源在于户籍制度。因为所谓农民工，其实就是指农业户口的城市工人。他们是一个特殊群体：户口是农民，却从事着非农业工作；生活在城市，却不能完全融入城市生活。从传统意义上讲，他们既不是真正的农民，也不是真正的工人。在许多人眼里，“农民工”是“边缘人”的同义语。
随着城乡户口差别的消除，农民工问题中的许多问题可以得到厘清——他们能够而且应该融入当地城市生活，在就业范围、城市户口、劳动保险、社会保险、医疗保险方面，享有与当地居民同样待遇。
当然，户籍问题解决了，并不表明农民工问题就彻底解决了，它还会以其他各种各样的面目出现。例如，农民工自我感觉低人一等、受城里人歧视，这种歧视包括雇用歧视、工资歧视、职业歧视等，以及由此带来的一系列问题。
根本出路在于大幅度减少农民数量
解决三农问题的根本出路，在于大幅度减少农民数量。
2005年《中国可持续发展战略报告》作为中国科学院面向社会公众、面向决策层的“科学与社会”3大系列年度报告之一，明确指出了这一点。它同时指出，要实现这一目标，只有依靠城市化战略才能最终完成。