法院经审理后认为，尼加拉瓜在条约中承担了与哥斯达黎加进行协商的义务，但连通知哥斯达黎加的行为都没有做出，因此对后约的批准行为构成对先约的违反，侵犯了哥斯达黎加的条约权利。同时，尼加拉瓜有义务根据国际法采取可能的措施，将与哥斯达黎加的法律状况恢复和维持到后约订立之前的情况。
本案的实质问题即，先约与后约当事国不完全相同情况下，两个条约的冲突应该如何解决。从判决来看，法院赞成先约的适用。本案的另一个问题在于，后约当事国之一的美国并不是建立中美洲法院条约的缔约国，不受中美洲法院裁决的约束。即使法院宣布先约无效，美国仍有权要求尼加拉瓜履行在后约项下的义务，一旦尼加拉瓜无法履行，就要承担相关的国家责任。正是考虑到条约效力以及随之引发的国家责任问题的复杂性，法院有意回避了这些问题，而仅仅只判决尼加拉瓜违反了先约。