其实，那个时期的明朝经常会出现一些滥杀平民，用他们的头颅冒充敌人的头颅去邀功的事情。因为这种事情在当时属于流行了百年的弊端，所以一时间没有人能从根本上杜绝这种事情的发生。而李成梁的下属更是肆无忌惮，经常会在战后杀害边境的一些百姓，然后割下他们的头颅按照蒙古人的风俗稍加改变，冒充敌人的头颅交给兵部。通常，兵部只清查人头的数量，其他的则一概不管。
虽然李成梁的这些做法瞒过了朝廷，但是地方上的一些官员看不惯，便站出来说话了，可统统都被他排挤下去了。而很多言官也试图向朝廷弹劾李成梁，但最终都没能起到什么作用。
其实，张居正将李成梁的一举一动都观察得十分透彻，但他却认为李成梁对于辽东甚至整个明朝来说，都是一种特殊的存在，所以张居正从未想过要撤换李成梁。